El aborto supone la eliminación de un ser humano en las primeras etapas de su desarrollo. AEFAS tiene, como uno de sus fines, la defensa de la dignidad humana, de cualquier vida humana, sin distinción de raza, sexo, género, enfermedad, grado de desarrollo, etc. Por ello, se manifiesta en contra de la iniciativa del Parlamento Europeo.
Cualquier derecho fundamental implica la protección y garantía de un bien humano. La vida es un bien humano. Por ello, resulta contradictorio admitir un derecho fundamental a causar la muerte de un ser humano y, sobre todo, cuando la gran mayoría de las constituciones de los países miembros, reconocen el derecho fundamental a la vida. Es una paradoja moral y jurídica.
Además, admitir el aborto como un derecho fundamental pondrá en riesgo la libertad de los profesionales sanitarios que no quieran llevar a cabo una actividad que consideran contraria con su praxis profesional.